Để đạt tới danh hiệu "Last Ninja" của người ông Igasaki Yoshitaka, 5 người cháu kế thừa ý chí của ông. Kẻ thù của họ là Quân đoàn Kibaoni Gengetsu và các Youkai (妖怪 - yêu quái) đang cố gắng thu thập nỗi sợ hãi để hồi sinh chủ nhân của mình. Đồng hành thêm với họ là 1 ninja cao bồi đến từ Mỹ, họ trở thành Shuriken Sentai Ninninger, với khẩu hiệu "Những Shinobi (kẻ ẩn mình) nhưng không ẩn mình!" (忍びなれども忍ばない, Shinobi nare domo shinobanai?), chiến đấu chống lại Quân đoàn Kibaoni Gengetsu và tiêu diệt các Youkai, thu thập lại các Shuriken phong ấn.